Разница между BLAST и FastA

ключевое отличие между BLAST и FastA является то, что BLAST - это базовый инструмент выравнивания, доступный на веб-сайте Национального центра биотехнологической информации, а FastA - это инструмент поиска сходства, доступный на веб-сайте Европейского института биоинформатики..

BLAST и FastA являются двумя программами, которые широко используются для сравнения биологических последовательностей ДНК, аминокислот, белков и нуклеотидов разных видов и поиска их сходства. Эти алгоритмы были написаны с учетом скорости. Потому что, когда ученым удалось выделить ДНК в лаборатории в середине 1980-х годов, возникла необходимость сравнивать и находить идентичные гены для дальнейших исследований на высокой скорости. Следовательно, эти два программного обеспечения были разработаны таким образом, чтобы пользователь мог выполнять быстрый поиск похожих последовательностей с помощью своих последовательностей запросов..

BLAST является аббревиатурой от Базовый инструмент поиска выравнивания и использует локализованный подход при сравнении двух последовательностей. FastA - это программное обеспечение, обозначающее Fast A, где A обозначает All. Здесь программное обеспечение работает с алфавитами, такими как Fast A для секвенирования ДНК и Fast P для белка. И BLAST, и FastA очень быстро сравнивают любую базу данных генома и, следовательно, очень эффективны как в денежном выражении, так и в плане экономии времени..

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое БЛАСТ
3. Что такое FastA
4. Сходства между BLAST и FastA
5. Сравнение бок о бок - BLAST против FastA в табличной форме
6. Резюме

Что такое BLAST?

BLAST является одним из наиболее широко используемых программ биоинформатики, которое было разработано в 1990 году. С тех пор оно доступно каждому на сайте NCBI. Кроме того, любой человек может получить доступ к этому программному обеспечению и использовать его. Более того, BLAST - это программное обеспечение, которому нужны входные данные или последовательности в формате FastA. Но он выдает выходные данные в виде простого текста, HTML или XML. BLAST работает по принципу поиска локализованных сходств между двумя последовательностями и краткого списка похожих последовательностей, а после этого он ищет соседские сходства.

Рисунок 01: Результаты BLAST

Таким образом, это программное обеспечение ищет большое количество похожих локальных областей и выдает результат при достижении порогового значения. Однако этот процесс отличается от более раннего программного обеспечения, которое сначала выполняет поиск по всей последовательности, а затем выполняет сравнение, и, следовательно, заняло много времени..

Помимо вышеуказанной проверки сходства, BLAST имеет много других применений, таких как картирование ДНК, сравнение двух идентичных генов у разных видов, создание филогенетического дерева и т. Д..

Что такое FastA?

FastA - это программное обеспечение для выравнивания белковых последовательностей. Дэвид Дж. Липман и Уильям Р. Пирсон описали это программное обеспечение в 1985 году. Хотя первоначальное использование этого программного обеспечения было для сравнения только белковых последовательностей, его модифицированная версия также могла сравнивать последовательности ДНК. Здесь это программное обеспечение использует принцип нахождения подобия между двумя последовательностями статистически. Он сопоставляет одну последовательность ДНК или белка с другой последовательностью методом локального выравнивания последовательностей.

Рисунок 02: FastA

Однако он ищет локальные регионы на предмет сходства, но не лучшего соответствия между двумя последовательностями. Поскольку это программное обеспечение иногда сравнивает локализованные сходства, оно может также приводить к несоответствиям. В последовательности FastA занимает небольшую часть, известную как k-кортежи, где кортежи могут быть от 1 до 6 и совпадает с k-кортежами другой последовательности. В конце процесса сопоставления, когда он достигает порогового значения, он дает результат.

Каковы сходства между BLAST и FastA?

• BLAST и FastA - это инструменты биоинформатики, используемые для сравнения последовательностей белков и ДНК на предмет сходства.
• Кроме того, обе программы используют стратегию оценки для сравнения последовательностей..
• Кроме того, оба инструмента дают очень точные результаты.

В чем разница между BLAST и FastA?

BLAST - это инструмент для проверки сходства между биологическими последовательностями. С другой стороны, FastA - еще одна программа, которая облегчает проверку сходства последовательностей белка и ДНК. Однако по сравнению с FastA программное обеспечение BLAST очень популярно, так как оно дает более точные и быстрые результаты. Следовательно, это разница между BLAST и FastA. Кроме того, в отличие от FastA, программа BLAST модифицируется в соответствии с потребностями пользователя. Таким образом, это еще одно различие между BLAST и FastA.

Приведенная ниже инфографика о разнице между BLAST и FastA предоставляет более подробную информацию.

Основная информация - BLAST vs FastA

BLAST и FastA - две программы, которые позволяют пользователю сравнивать свою последовательность запросов с последовательностями в существующих базах данных и проверять сходства. Первоначальной целью FastA было сравнение только белковых последовательностей. Но модифицированная версия этого программного обеспечения облегчает сравнение последовательностей белков и ДНК. Хотя FastA - хорошее программное обеспечение, большинство людей используют инструмент выравнивания BLAST, поскольку он более популярен и дает более точные и быстрые результаты, чем FastA. Кроме того, инструмент BLAST можно изменять в соответствии с требованиями пользователя. Вкратце, это обобщает разницу между BLAST и FastA.

Ссылка:

1. Мэдден, Томас. «Инструмент анализа последовательности BLAST». Текущие отчеты о неврологии и неврологии. Национальная медицинская библиотека США, 15 марта 2013 г. Доступно здесь 

Изображение предоставлено:

1. «Результаты взрыва CCDC132» от NCBI Blast - NCBI Blast, (Общественное достояние) через Викисклад Commons  
2. «Регион промоутера FAM149A (формат FASTA)». LarsonGCD - собственная работа (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia.