Разница между метагеномикой и метатранскриптомикой

ключевое отличие между метагеномикой и метатранскриптомикой зависит от типа биомолекул, изучаемых в каждой области. Метагеномика изучает ДНК, ее последовательности и ее поведение в организмах, а метатранскриптомика изучает транскрибированную ДНК, в основном последовательности мРНК и ее поведение в организмах..

Метагеномика и метатранскриптомика - это две области, которые с годами приобрели большую популярность в отношении сообщества микробов. Они важны в здравоохранении, промышленности и сельскохозяйственной биотехнологии. Как метагеномика, так и метатранскриптомика позволяют изучать отдельные организмы в сообществе и их функциональные роли, которые либо полезны, либо вредны..

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое метагеномика 
3. Что такое метатранскриптомика
4. Сходство между метагеномикой и метатранскриптомикой
5. Сравнение бок о бок - метагеномика и метатранскриптомика в табличной форме
6. Резюме

Что такое метагеномика?

Метагеномика - это область исследований, которая исследует дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК). Это наиболее актуально для микробного сообщества. Кроме того, это более продвинутая область по сравнению с геномикой. В геномике проводится анализ ДНК конкретного организма. Однако метагеномика включает анализ генетического материала в сообществе организмов. Таким образом, это позволяет изучать поведение сообщества организмов, относящихся к одному состоянию или одной среде..

Рисунок 01: Метагеномика

Основным методом, используемым в исследованиях метагеномики, является секвенирование следующего поколения (NGS), в котором используется технология микромассивов. Методы NGS могут анализировать несколько организмов в одной реакции на наличие или отсутствие специфических последовательностей ДНК. Эти последовательности ДНК могут быть ответственны за единичное заболевание или состояние окружающей среды. Следовательно, используя метагеномные знания, скрининг организмов может быть выполнен легко и точно. Секвенирование во время NGS происходит в коротких чтениях, и происходит профилирование ДНК организмов. Последовательность ДНК 16-ых - популярная последовательность, изученная в метагеномике относительно микроорганизмов.

После секвенирования сообщества организмов, выравнивание последовательностей должно быть сделано. Такие инструменты, как инструмент Basic Local Alignment Sequence (BLAST), используются для выполнения задачи выравнивания. После выравнивания филогенетическое дерево обеспечивает взаимосвязь каждого организма в сообществе и детали его поведения..

Что такое метатранскриптомика?

Метатранскриптомика - это область исследований, которая занимается транскриптомом организма. Транскриптом представляет собой целые последовательности РНК, транскрибируемые во время транскрипции ДНК. Последовательности мРНК, присутствующие в транскриптоме, предоставляют информацию о генетической экспрессии. Метатранскриптомика - это анализ множественных транскриптомов в разных популяциях или сообществах..

Рисунок 02: Анализ транскриптома

Метатранскриптомные исследования также используют технологии микрочипов, чтобы найти последовательности коротких прочитанных последовательностей. Кроме того, метатранскриптомика также включает в себя тщательный анализ биоинформатики с использованием инструментов выравнивания и методов проектирования дерева. Однако область метатранскриптомики намного сложнее по сравнению с метагеномикой. Извлечение мРНК или РНК в целом не так просто, как кажется. Поскольку РНК очень склонна к разрушению и имеет очень короткое время жизни, ее обслуживание и хранение могут быть возможным запросом..

Каковы сходства между метагеномикой и метатранскриптомикой?

• Метагеномика и метатранскриптомика являются высокопроизводительными методами анализа сообществ организмов, в основном микробных сообществ..
• Оба метода используют технологию микрочипов для вывода результатов.
• Полученные результаты часто анализируются с использованием выравнивания BLAST и филогенетических деревьев.
• Более того, обе техники ориентированы не на один организм, а на группу или сообщество организмов..
• Кроме того, обе концепции также изучаются главным образом в отношении микробов - главная причина заключается в том, что.

В чем разница между метагеномикой и метатранскриптомикой?

Метагеномика и метатранскриптомика включают анализ генетического вещества в сообществе организмов. Таким образом, метагеномика касается паттернов и последовательностей ДНК, тогда как метатранскриптомика относится к анализу мРНК или транскрибированной ДНК. Таким образом, это ключевое различие между метагеномикой и метатранскриптомикой.

Кроме того, процедура извлечения отличается в обоих методах; метагеномика включает процедуры выделения ДНК, а метатранскриптомика включает процедуры выделения РНК. Следовательно, это также существенная разница между метагеномикой и метатранскриптомикой.

Приведенная ниже инфографика суммирует разницу между метагеномикой и метатранскриптомикой:

Резюме - Метагеномика против метатранскриптомики

Метагеномика и метатранскриптомика являются новыми областями исследований, которые анализируют сообщество организмов на предмет конкретного состояния. Таким образом, метагеномика относится к анализу последовательностей ДНК. Напротив, метатранскриптомика относится к анализу последовательностей РНК или транскрибированных продуктов ДНК. В связи с этим метатранскриптомика позволяет идентифицировать экспрессию генов для конкретного случая. Оба важны в анализе мутаций и их эффектов. Это быстрые и более надежные методы, используемые в предварительной диагностике. Таким образом, это краткое изложение различий между метагеномикой и метатранскриптомикой.

Ссылка:

1. Агиар-Пулидо, Ванесса и др. «Метагеномика, метатранскриптомика и метаболомика для анализа микробиомов». Эволюционная биоинформатика онлайн, LibertasAcademica, 12 мая 2016 г., доступно здесь.

Изображение предоставлено:

1. «pcbi.1002808.g001» по показателям филогении (CC BY 2.0) через Flickr
2. «Транскриптом рис. 3». Автор: Danny556 (разговор) - самодельный (C BY-SA 3.0) через Flickr