Разница между QTL и GWAS

ключевое отличие между QTL и GWAS зависит от типа последовательностей, используемых в анализе. QTL использует локусы генов сцепления для анализа фенотипических признаков, связанных с полигенным наследованием, в то время как GWAS использует последовательности целого генома для анализа полиморфизмов отдельных нуклеотидов определенного состояния.

Карты QTL и GWAS играют важную роль в генетическом анализе различных признаков. Кроме того, они важны при анализе различных заболеваний с неизвестной этиологией. Кроме того, последовательность играет ключевую роль в обоих методах. Эти методы могут быть дополнительно объединены с другими высокопроизводительными методами для повышения точности и точности..

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое QTL 
3. Что такое GWAS?
4. Сходство между QTL и GWAS
5. Сравнение бок о бок - QTL против GWAS в табличной форме
6. Резюме

Что такое QTL?

QTL обозначает Количественная черта локуса. Это область ДНК, связанная с фенотипическим признаком. Как правило, QTL вызывает полигенные эффекты. Распределение QTL варьируется, и количество QTL указывает на степень вариации определенного фенотипического признака. Кроме того, они обычно кодируют лежащие в основе непрерывные черты, а не дискретные черты..

После идентификации областей QTL важно упорядочить конкретную область QTL. Кроме того, чтобы сделать исследования и исследования простыми, секвенирование и хранение данных о последовательности общих областей QTL осуществляется с участием биоинформатики. Мы называем эту технику QTL картированием. Впоследствии база данных создается с последовательностями областей QTL.

Рисунок 01: QTL Scan

Кроме того, применение последовательностей QTL основывается главным образом на инструменте BLAST, где можно определить сходство последовательностей. Это важно в выводе отношений между организмами. Кроме того, это важно при определении сложности конкретного полигенного фенотипа. Это также определяет эволюцию конкретной черты.

В настоящее время анализ QTL сочетается с другими высокопроизводительными методами, такими как ДНК-микрочипы. Это важно при анализе экспрессии фенотипа. В настоящее время ученые очень заинтересованы в разработке базы данных QTL, поскольку регионы QTL несут ответственность за многие важные признаки различных видов.

Что такое GWAS?

GWAS обозначает Genome Wide Association Study. Это также относится к целым исследованиям ассоциации генома. Эти исследования сосредоточены в основном на наблюдательных исследованиях. Он анализирует генетические варианты разных людей, обычно связанных с определенной чертой. Кроме того, весь геном важен для анализа GWAS.

Рисунок 02: GWAS

GWAS является важным инструментом в анализе однонуклеотидных полиморфизмов, связанных с различными заболеваниями. Это также сравнительное исследование различных однонуклеотидных полиморфизмов в широкой популяции. Кроме того, исследуемая выборка GWAS очень высока; следовательно, он также принимает формат перекрестного когортного исследования.

Кроме того, первое исследование GWAS имело место в отношении инфаркта миокарда и анализа генов, связанных с инфарктом миокарда. В настоящее время GWAS играет важную роль в определении генетического фона сложных заболеваний с неизвестной этиологией..

Каковы сходства между QTL и GWAS?

• Они полагаются на данные последовательностей ДНК для анализа.
• Оба связаны с генетическим фоном различных персонажей.
• Кроме того, им необходимы инструменты биоинформатики для вывода и интерпретации результатов..
• Они сделаны на больших популяциях.

В чем разница между QTL и GWAS?

QTL анализирует фенотипические признаки, связанные с полигенным наследованием, с использованием связанных генных локусов, в то время как GWAS анализирует однонуклеотидные полиморфизмы определенного состояния с использованием целых последовательностей генома. Таким образом, это ключевое различие между QTL и GWAS. QTL картирование является сравнительно менее сложной техникой, чем GWAS, так как требует секвенирования всего генома.

Приведенная ниже инфографика суммирует разницу между QTL и GWAS в табличной форме.

Резюме - QTL против GWAS

QTL картирование и GWAS играют важную роль в определении генетического фона различных фенотипических признаков. Они также помогают в анализе генетического фона различных заболеваний. QTL картирование картирует гены сцепления, ответственные за непрерывные признаки, а также включает картирование генов полигенного наследования. GWAS, с другой стороны, имеет место с полным анализом генома для однонуклеотидных полиморфизмов. Кроме того, это происходит в большей части населения. Таким образом, это сводка различий между QTL и GWAS.

Ссылка:

1. Лю, Ruixian, и др. «GWAS-анализ и QTL-идентификация признаков качества волокна и компонентов урожая в высокогорных хлопках с использованием обогащенных высокоплотных SNP-маркеров». Frontiers Media S.A., 13 сентября 2018 г., доступно здесь.
2. «GWAS Vs. Qtl Mapping? Последние сообщения, доступные здесь.

Изображение предоставлено:

1. «Пример QTL-сканирования по всему геному из PLoS Biology» By - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Связь остеопороза с хромосомой 20p12 и ассоциация с BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) через Commons Wikimedia
2. «Аллельные эффекты GWAS-болезни» Буша В.С. и Мура Дж. Х. - Буш В.С., Мура Дж. Х. (2012) Глава 11: Исследования геномной ассоциации. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) с помощью Commons Wikimedia