Разница между RAPD и RFLP

Ключевая разница - RAPD против RFLP
 

Генетические маркеры используются в молекулярной биологии для выявления генетических различий между людьми и видами. Случайная амплифицированная полиморфная ДНК (RAPD) и Полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) являются двумя важными молекулярными маркерами, обычно используемыми в лабораториях. RAPD выполняется с короткими и произвольными олигонуклеотидными праймерами, и он основан на случайной амплификации нескольких мест по всей матричной ДНК организма. RFLP выполняется со специфической эндонуклеазой рестрикции и основан на полиморфизме полученных рестрикционных фрагментов и гибридизации. Основное различие между RAPL и RFLP заключается в том, что RAPD - это метод ПЦР, выполняемый без предварительного знания последовательности в то время как RFLP не участвует в ПЦР и требует предварительного знания последовательности для выполнения методики.

СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое RAPD
3. Что такое RFLP
4. Сравнение сторон - RAPD против RFLP
5. Резюме

Что такое RAPD?

RAPD является полезным молекулярным маркером в молекулярной биологии. Это быстрая и простая техника. RAPD может быть определен как метод, который приводит к полиморфным последовательностям ДНК в результате случайной амплификации множества местоположений матрицы-мишени ДНК. RAPD использует короткие олигонуклеотидные праймеры с произвольными последовательностями для амплификации ПЦР. Праймеры искусственно синтезируются без предварительного знания последовательности. Следовательно, это считается простой и полезной техникой.

Следующие основные шаги участвуют в RAPD.

1. Экстракция целевой ДНК
2. Амплификация множественных участков целевой ДНК с использованием случайно выбранных праймеров.
3. Гель-электрофорез амплифицированных продуктов ПЦР
4. Окрашивание бромидом этидия и выявление полиморфизма

В результате изменения отжига праймера во время амплификации образуются разные фрагменты с различной длиной. Следовательно, узоры полос на гелях различны для отдельных лиц и видов. Таким образом, RAPD позволяет обнаруживать генетические изменения среди организмов при идентификации и дифференциации..

RAPD применяется в различных исследованиях молекулярной биологии, таких как идентификация генетических различий между близкородственными видами, картирование генов, дактилоскопия ДНК, идентификация наследственных заболеваний и т. Д..

Рисунок 01: RAPD

Что такое RFLP?

Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) является молекулярным маркером, используемым в молекулярной биологии для идентификации генетических вариаций в гомологичных последовательностях ДНК. Это первый генетический маркер, разработанный для дактилоскопии ДНК. Все организмы производят уникальные профили ДНК при ограничении специфическими ферментами рестрикции. RFLP служит важным инструментом для создания уникальных ДНК-профилей индивидуумов и выявления генетических вариаций среди них. Когда образцы ДНК перевариваются специфическими эндонуклеазами рестрикции, это дает различные профили ДНК, которые являются уникальными для каждого человека. Следовательно, основным в этом методе является обнаружение генетических вариаций среди организмов путем рестрикции гомологичной ДНК специфическими ферментами рестрикции и анализа полиморфизма длин фрагментов с помощью гель-электрофореза и блоттинга. Шаблоны блоттинга уникальны для каждого организма и характеризуют конкретные генотипы..

Следующие шаги связаны с RFLP.

1. Выделение достаточного количества ДНК из образцов
2. Фрагментация образцов ДНК со специфическими эндонуклеазами рестрикции на короткую последовательность
3. Разделение полученных фрагментов различной длины электрофорезом в агарозном геле.
4. Перенос профиля геля в мембрану с помощью Саузерн-блоттинга
5. Гибридизация мембраны с мечеными зондами и анализ полиморфизма длин фрагментов в каждом профиле

RFLP имеет различные приложения, такие как диагностика наследственных заболеваний, картирование генома, криминальная идентификация в криминалистических исследованиях, тестирование отцовства и т. Д..

Рисунок 02: генотипирование RFLP

В чем разница между RAPD и RFLP?

РАПД против РФЛП
RAPD является молекулярным маркером на основе случайных праймеров и ПЦР.	RFLP является молекулярным маркером, основанным на получении рестрикционных фрагментов различной длины..
Требуемый образец
Маленьких образцов ДНК достаточно для анализа RAPD.	Большое количество выделенного образца ДНК требуется для анализа RFLP.
Время
RAPD - это быстрый процесс.	RFLP - трудоемкий процесс.
Учебник для начинающих
Используются случайные праймеры, и одни и те же праймеры могут быть использованы для разных видов.	Видоспецифичные зонды используются в RFLP для гибридизации.
надежность
Надежность методики меньше по сравнению с RFLP.	RFLP - надежная методика.
блоттинга
RAPD включает в себя южное промокание.	Саузерн-блоттинг - один шаг RFLP.
Обнаружение аллельной вариации
Аллельные вариации не могут быть обнаружены RAPD.	Аллельные вариации могут быть обнаружены RFLP.
Потребность в знаниях последовательности
RAPD не требует предварительного знания последовательности.	Предварительное знание последовательности требуется для проектирования зонда.
ПЦР
ПЦР участвует с RAPD	ПЦР не связана с RFLP.
Воспроизводимость
RAPD имеет низкую воспроизводимость	RFLP имеет высокую воспроизводимость по сравнению с RAPD.

Резюме - РАПД против РФЛП

RAPD и RFLP являются важными маркерами, используемыми в молекулярной биологии. Оба метода способны обнаруживать генетические изменения среди организмов. RAPD выполняется с использованием случайных праймеров. RFLP выполняется с использованием специфических ферментов рестрикции. Оба метода производят профили ДНК, уникальные для отдельных организмов. RAPD включает сравнительно мало шагов, чем RFLP. Но он дает менее надежные и воспроизводимые результаты, чем RFLP. В этом главное отличие RAPD от RFLP.

Ссылки:
1. Дос, Дж. Б., Дж. Нинхуйс, П. Скроч, Дж. Тиванг и М. К. Слокум. «Сравнение генетических маркеров RAPD и RFLP при определении генетического сходства генотипов Brassica oleracea L.» ТЕГ. Теоретическая и прикладная генетика. Теоретическая и генетическая генетика. Национальная медицинская библиотека США, март 1994 г. Интернет. 12 апреля 2017
2. Пауэлл, Уэйн, Мишель Морганте, Чаз Андре, Майкл Ханафей, Джули Фогель, Скотт Тингей и Антони Рафальски. «Сравнение RFLP, RAPD, AFLP

Изображение предоставлено:
1. «Генотипирование RFLP» (неизвестно) - Национальные институты здравоохранения (общественное достояние) через Commons Wikimedia