Разница между shRNA и siRNA

шРНК против миРНК

Во время процесса РНК-интерференции (RNAi) экспрессия гена-мишени снижается с высокой специфичностью и селективностью. РНКи является естественным процессом и включает малую интерферирующую РНК (миРНК) и короткую шпилечную РНК (шРНК) и бифункциональную шРНК. В настоящее время РНКи широко используется в качестве инструмента для персонализированной терапии рака. Применения РНКи в основном делаются с химически синтезированными двухцепочечными молекулами миРНК и векторов на основе шРНК. Хотя эти две молекулы имеют сходные функциональные результаты, они различаются по своей структуре; таким образом, молекулярные механизмы действия, пути РНК и нецелевые эффекты этих двух молекул также различаются.

shRNA

shRNA представляет собой последовательность небольшой молекулы РНК, которая делает крутой поворот шпильки, которая может быть использована для подавления экспрессии гена-мишени во время RNAi. Экспрессия shRNA достигается с помощью вектора, который может быть либо вирусом, либо бактерией, либо путем доставки плазмиды. Они синтезируются в ядре клеток и транспортируются в цитоплазму для дальнейших процессов. Эти молекулы имеют сходные пути созревания miRNA; таким образом, синтез miRNA обеспечил основу для понимания синтеза shRNA. Либо РНК-полимераза II, либо III может транскрибировать shРНК через промоторы РНК-полимеразы II или III. Преимущество использования shRNA состоит в том, что они имеют относительно низкую скорость деградации и оборота. Недостатком является то, что ему нужен вектор экспрессии, который может вызвать некоторые проблемы безопасности.

миРНК

миРНК представляют собой двухцепочечные молекулы РНК, состоящие из 20-25 пар оснований в длину. Они используются для подавления гена путем молчания любого гена с комплементарной нуклеотидной последовательностью в пути RNAi. Нокдаун гена путем трансфекции siRNA часто оказывается неудачным из-за временного эффекта; особенно в быстро делящихся клетках и подавление не длится дольше. Чтобы преодолеть эту проблему, миРНК модифицируется путем введения структуры с короткой шпилькой. Эта модифицированная молекула тогда известна как shRNA. shRNA должен быть преобразован в siRNA с помощью Dicer, чтобы продолжить свою нормальную функцию.

В чем разница между шРНК и миРНК?

• В отличие от миРНК, шРНК имеет дополнительную структуру шпильки. ШРНК является модифицированной версией миРНК.

• shRNA требует вектора экспрессии, тогда как siRNA не требует.

• shRNA может использоваться для длительного нокдауна, тогда как siRNA может использоваться только для краткосрочного нокдауна генов.

• В отличие от подавления генов siRNA, подавление shRNA является длительным, и если его вставить через соответствующий вирусный вектор, это может привести к постоянным эффектам молчания генов.

• Dicer требуется для преобразования shRNA обратно в молекулу siRNA для выполнения ее нормальных функций.