Разница между сходством и идентичностью в выравнивании последовательностей

ключевое отличие между сходством и идентичностью в выравнивании последовательностей является то, что сходство - это сходство (сходство) между двумя последовательностями в сравнении, а идентичность - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями..

Биоинформатика является междисциплинарной областью науки, которая в основном включает молекулярную биологию и генетику, информатику, математику и статистику. Выравнивание последовательностей является основным термином в биоинформатике. Это процедура, в которой последовательности ДНК, РНК или белка располагаются для идентификации областей сходства, которые являются следствием функциональных, структурных или эволюционных отношений между последовательностями. В конце выравнивания они будут представлены в виде строк в матрице. Чтобы выровнять одинаковые символы в последовательных столбцах, между остатками присутствуют вставленные пробелы.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое сходство в выравнивании последовательностей
3. Что такое идентичность в последовательности выравнивания
4. Сходство между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей
5. Сравнение бок о бок - сходство и идентичность при выравнивании последовательностей в табличной форме
6. Резюме

Что такое сходство?

Сходство в выравнивании последовательностей - это сходство двух последовательностей при сравнении. Этот факт зависит от идентичности последовательностей. Сходство показывает степень, в которой остатки выровнены. Следовательно, похожие последовательности содержат похожие свойства. В биоинформатике сходство является инструментом для оценки сходства двух белков.

Рисунок 01: Сходство в выравнивании последовательностей

Есть два основных шага к процессу выравнивания последовательности. Первым шагом является парное выравнивание, которое помогает найти оптимальное выравнивание между двумя последовательностями (включая промежутки) с использованием таких алгоритмов, как BLAST, FastA и LALIGN. Алгоритм сопоставления находит минимальное количество операций редактирования; in-dels и замены для выравнивания одной последовательности с другой последовательностью. После парного выравнивания необходимо получить два количественных параметра из каждого парного сравнения. Они идентичность и сходство.

Что такое личность?

Идентичность в выравнивании последовательностей - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Следовательно, пробелы не учитываются при оценке идентичности. Измерение считается относительным к более короткой последовательности из двух последовательностей. Это в значительной степени подразумевает, что он имеет эффект, когда идентичность последовательности не является транзитивной. Если X = Y и Y = Z, то X не обязательно равен Z. Это выводится с точки зрения меры единичного расстояния.

Рисунок 02: Идентичность в выравнивании последовательностей

Например, X имеет последовательность AAGGCTT, Y имеет последовательность AAGGC и Z имеет последовательность AAGGCAT. Идентичность между X и Y составляет 100% 5 идентичных нуклеотидов / мин [длина (X), длина (Y)]. Тождество между Y и Z также составляет 100%. Но идентичность между X и Z составляет всего 85% (6 идентичных нуклеотидов / 7).

Каковы сходства между сходством и идентичностью в выравнивании последовательностей?

• И сходство, и идентичность - это два термина, которые мы используем при выравнивании последовательностей..
• Кроме того, они относятся к сходству между двумя последовательностями.
• Более того, мы выражаем их в процентах.

В чем разница между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей?

Сходство в выравнивании говорит о сходстве между двумя последовательностями при сравнении, тогда как идентичность при выравнивании последовательностей говорит о количестве символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Следовательно, в этом заключается ключевое различие между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей..

Резюме - Сходство против идентичности в выравнивании последовательностей

Выравнивание последовательностей помогает идентифицировать области сходства в ДНК, РНК или белке, возникающие вследствие функциональных, структурных или эволюционных связей между последовательностями. Следовательно, сходство и идентичность являются двумя ключевыми терминами в контексте выравнивания последовательностей. Основное различие между этими двумя терминами состоит в том, что сходство - это сходство двух последовательностей в сравнении, тогда как идентичность - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Таким образом, это сводка различий между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей..

Ссылка:

1. «Идентичность и сходство - количественная мера». Идентичность и сходство - количественная мера, доступная здесь.
2. «Выравнивание последовательности». Выравнивание последовательности - Bioinformatics.Org Wiki, доступно здесь.

Изображение предоставлено:

1. «Филогения на основе выравнивания и без выравнивания» Колекар Пандуранг - собственная работа (CC BY 3.0) через Commons Wikimedia
2. «Вывод образца BLAST». Фдардель - Собственная работа (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia