Размер прокариотических клеток обычно составляет 0,2-2,0 микрометра в диаметре, в то время как эукариотическая клетка составляет 10-100 микрометров в диаметре..
Эукариоты призваны иметь «истинное ядро», потому что оно содержит мембраносвязанные ядра и состоит из других органелл, таких как лизосомы, комплекс Гольджи, эндоплазматический ретикулум, митохондрии и хлоропласты, в то время как у прокариот нет ядерной мембраны или других органелл, окруженных мембраной..
У прокариот жгутик состоит из двух белковых строительных блоков; клеточная стенка химически сложна и состоит из пептидогликана (одного большого полимера аминокислот и сахара), в то время как жгутик эукариот более сложен с множеством микротрубочек, а когда присутствуют клеточные стенки, они химически просты.
У прокариот деление клеток происходит через бинарное деление, и мейоз не происходит, но только перенос фрагментов ДНК происходит через конъюгацию. Деление клеток у эукариот происходит через митоз, а половое размножение происходит через мейоз.
У эукариот плазматическая мембрана состоит из стеролов и углеводов. Цитоплазма состоит из цитоскелетов, и цитоплазматическое течение присутствует. Рибосомы больше (80S) и меньше (70S) по размеру, а хромосомы множественные и линейно расположены с гистонами. ДНК эукариот намного сложнее, чем ДНК прокариот.
У прокариот плазматическая мембрана не содержит углеводов или стеринов. Цитоплазма не имеет цитоскелета или цитоплазматического потока. Рибосомы имеют меньший размер (70S) и представлены одной круговой хромосомой, которая не состоит из гистонов.