Разница между бензоназой и ДНКазой

Ключевая разница - бензоназа против ДНКазы
 

Деградация нуклеиновых кислот важна для многих методов молекулярной биологии. Он широко используется в технологии рекомбинантных ДНК, чтобы избавиться от нежелательных фрагментов ДНК и РНК. Ферменты, разрушающие нуклеиновую кислоту, называются нуклеазами, и они могут быть разных типов в зависимости от требуемой функции. Нуклеазы, которые разрушают ДНК, известны как ДНКазы, тогда как те, которые разрушают РНК, являются известными РНКазами. Эти ферменты в основном используются в в пробирке эксперименты где в витро молекулярные тесты проводятся для выделения чистой ДНК, РНК или белков. Бензоназы представляют собой тип нуклеаз, которые разрушают как ДНК, так и РНК, тогда как ДНКазы разрушают только ДНК. Это ключевое различие между бензоназой и ДНКазой.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое бензоназа
3. Что такое ДНКаза
4. Сходство между бензоназой и ДНКазой
5. Сравнение по соседству - бензоназа против ДНКазы в табличной форме
6. Резюме

Что такое бензоназа?

Бензоназа является генно-инженерной эндонуклеазой из Serratia Marcescens. Этот фермент производится в Кишечная палочка Хозяева в промышленных масштабах. Бензоназа способна расщеплять двухцепочечную ДНК, линейную ДНК, кольцевую ДНК и одноцепочечную РНК. Таким образом, бензоназа является коммерчески важной. Бензоназный фермент представляет собой белковый димер, который имеет 245 идентичных аминокислот, ~ 30 кДа субъединиц с двумя необходимыми дисульфидными связями. Бензоназа расщепляет нуклеиновые кислоты на своем 5'-конце и приводит к фрагментам со свободным 5'-концом. Бензоназа может расщеплять нуклеиновые кислоты в любой последовательности, но предпочитает области, богатые GC.

Бензоназа хранится при -20 ⁰C. Оптимальное значение pH для активности фермента составляет 8,0 - 9,2. Применение бензоназы включает в себя подготовку образцов для гель-электрофореза белка 2D, где бензоназа удаляет связанные нуклеиновые кислоты и удаляет примеси нуклеиновых кислот из препаратов рекомбинантных белков. Он также используется для снижения вязкости белковых экстрактов и предотвращения слипания клеток в клеточной смеси.

Что такое ДНКаза?

ДНКаза является нуклеазой, гидролитическим ферментом, который способен расщеплять только двухцепочечную ДНК. Существует два основных типа ДНКаз: ДНКазы I и ДНКазы II. ДНКаза I участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК с образованием полинуклеотидов с 5 'свободными концами. ДНКаза II участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК с образованием полинуклеотидных цепей с 3 'свободными концами или выступами.

ДНКазу I

ДНКаза I функционирует при оптимальном рН между 7,0 - 8,0. Активность фермента зависит от многих ионных кофакторов, которые включают Са²⁺, Mg²⁺ или Mn²⁺. Активность Mg²⁺ и Mn²⁺ решает функцию ДНКазы I. В присутствии Mg²⁺, ДНКаза I расщепляет каждую цепь дцДНК независимо. Это происходит случайным образом. Напротив, в присутствии Mn^2+, фермент расщепляет обе цепи ДНК примерно в одном и том же сайте. Это расщепление приведет к образованию двух типов фрагментов ДНК; один тип с тупыми концами и другой тип с одним или двумя выступами нуклеотидов.

Рисунок 02: ДНКаза

ДНКаза II

ДНКаза II функционирует при оптимальном рН 4,5-5,0, и для ее активности требуются ионы двухвалентных металлов, аналогичные ДНКазе I. Механизм ДНКазы II, как известно, состоит из трех основных этапов..

1. Многократные разрывы одной цепи индуцируются в основной цепи ДНК.
2. Получаются растворимые в кислоте нуклеотиды и олигонуклеотиды.
3. Нелинейный гиперхромный сдвиг происходит в последней фазе.

Основные ингибиторы фермента ДНКазы включают хелаторы металлов, переходные металлы и химические вещества, такие как додецилсульфат натрия и β-меркаптоэтанол..

Основные области применения ДНКазы включают получение не содержащих ДНК экстрактов РНК и белковых экстрактов, а также удаление матричной ДНК во время экспериментов по транскрипции in vitro..

Каковы сходства между бензоназой и ДНКазой?

• Оба являются гидролитическими ферментами.
• Обе нуклеазы.
• Оба участвуют путем расщепления фосфодиэфирных связей нуклеиновых кислот.
• Оба требуют оптимального рН и температуры хранения для поддержания активности фермента.
• Ингибиторы ферментов включают хелатирующие агенты, переходные металлы и моющие средства.
• Приложения в основном направлены на получение экстрактов ДНК, РНК и белков высокой чистоты..
• Оба фермента могут быть получены с помощью генной инженерии.

В чем разница между бензоназой и ДНКазой?

Бензоназа против ДНКазы
Бензоназа - это фермент, способный расщеплять двухцепочечную ДНК, линейную ДНК, кольцевую ДНК и РНК..	ДНКаза - это фермент, способный расщеплять двухцепочечную ДНК.
Подложка для фермента
И ДНК, и РНК являются субстратами для бензоназы.	ДНК является субстратом для ДНКазы.
Структура
Оптимальный диапазон рН бензоназы составляет 7,0-8,0	Оптимальные диапазоны рН ДНКазы I составляют 7,0-8,0, а ДНКазы II 4,5-5,0..

Резюме - Бензоназа против ДНКазы

Нуклеазные ферменты широко используются в различных экспериментальных процедурах в отношении молекулярной биологии и генной инженерии. Бензоназа и ДНКаза являются двумя типами нуклеаз. Бензоназа участвует в деградации как ДНК, так и РНК, тогда как ДНКаза участвует в расщеплении двухцепочечной ДНК. В этом основное отличие бензоназы от ДНКазы. В настоящее время оба этих типа нуклеаз получают с помощью технологии рекомбинантной ДНК, которая дает ферменты более высокого качества, оптимизированные для максимальной продукции..

Скачать PDF версию бензоназы против ДНКазы

Вы можете скачать PDF версию этой статьи и использовать ее в автономном режиме, как указано в примечании. Пожалуйста, загрузите PDF версию здесь Разница между бензоназой и ДНКазой

Ссылки:

1. «Дезоксирибонуклеаза I из поджелудочной железы крупного рогатого скота D5025». Сигма-Олдрич, доступно здесь. Доступ 19 сентября 2017 г..
2. «Дезоксирибонуклеаза II». Дезоксирибонуклеаза II - Руководство по ферментам Уортингтона, доступно здесь. Доступ 19 сентября 2017 г..

Изображение предоставлено:

1. «Гиперчувствительный сайт ДНКазы». Ван Y-M, Чжоу П., Ван L-Y, Ли Z-H, Чжан Y-N и др. Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N и др. (2012) Корреляция между распределением гиперчувствительного сайта ДНКазы I и экспрессией генов в клетках HeLa S3. PLOS ONE 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) через Викисклад Commons