Разница между секвенированием экзома и РНК

Ключевая разница - Exome против РНК-секвенирования
 

Секвенирование нуклеиновой кислоты - это метод, который определяет порядок нуклеотидов в определенном фрагменте ДНК или РНК организма. Секвенирование важно для идентификации структуры ДНК и РНК клетки и определения определенных генов, которые кодируют функциональные белки; таким образом, секвенирование может быть использовано для понимания мутаций этих генов и экспрессии генов. Метод секвенирования Сэнгера или более продвинутые методы секвенирования следующего поколения - это методы секвенирования, которые обычно используются. Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих областей ДНК, присутствующих в организме, тогда как секвенирование РНК является процедурой секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК).. Это ключевое различие между секвенированием экзома и РНК.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое секвенирование Exome
3. Что такое секвенирование РНК
4. Сходства между секвенированием экзома и РНК
5. Сравнение бок о бок - секвенирование Exome против РНК в табличной форме
6. Резюме

Что такое Exome Sequencing?

Exome - это подмножество генома, которое состоит из кодирующих генов конкретного организма. Кодирующие гены называются экзонами и транскрибируются в мРНК, а затем транслируются в аминокислотные последовательности. Во время посттранскрипционных модификаций механизм сплайсинга РНК у эукариот удаляет интроны (некодирующие области), и экзоны остаются. Существует два основных метода, в которых выполняется секвенирование exome: на основе решения и на основе массива.

При секвенировании экзома на основе раствора образцы ДНК фрагментируют с использованием рестрикционных ферментов или механическим способом и денатурируют нагреванием. В этом методе биотинилированные олигонуклеотидные зонды (приманки) используются для селективной гибридизации с областями-мишенями в геноме. Магнитные шарики стрептавидина используются для стадии связывания. За связыванием следует этап промывания, при котором несвязанные и нецелевые последовательности вымываются. Связанные мишени затем амплифицируют с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР) и затем секвенируют с использованием методов секвенирования Сэнгера или секвенирования следующего поколения..

Рисунок 01: Exome Sequencing

Метод на основе массива также похож на метод на основе решения, за исключением того, что фрагменты ДНК захватываются в микроматрицу, а затем выполняются этапы связывания и отмывки перед секвенированием.

Секвенирование экзома используется во многих применениях, таких как генетическая диагностика заболеваний, в генной терапии, при выявлении новых генетических маркеров, в сельском хозяйстве для выявления различных полезных агрономических признаков и в процедурах селекции растений..

Что такое РНК-секвенирование?

Секвенирование РНК основано на транскриптоме, который является полными транскриптами клетки. Основными целями секвенирования РНК являются каталогизация всех видов транскрипта, включая мРНК, некодирующую РНК и малую РНК, для определения транскрипционной структуры генов и количественного определения уровней экспрессии каждого транскрипта во время развития. Во время секвенирования РНК для секвенирования первоначально использовались технологии гибридизации (которые представляли собой комплементарную ДНК, полученную из последовательностей зрелой мРНК). В настоящее время для секвенирования РНК используется более точный и продвинутый метод сквозного анализа..

Рисунок 02: РНК-секвенирование

При секвенировании РНК образец РНК, которая может представлять собой общую РНК или фракционированную РНК, превращается в ее комплементарную ДНК (кДНК) с использованием обратной транскрипции, и готовится библиотека кДНК. Каждый фрагмент кДНК прикреплен к адаптерам с обеих сторон (секвенирование на одном конце) или на одной стороне (секвенирование на одном конце). Эти помеченные последовательности секвенируют с использованием секвенирования Сэнгера или следующего поколения, например секвенирования экзома.

Каковы сходства между секвенированием экзома и РНК?

• Коротко выбранные фрагменты или весь набор ДНК / РНК могут быть использованы для секвенирования Exome или RNA.
• Секвенированные фрагменты сохраняются в библиотеках.
• Можно использовать последовательность Сэнгера или последовательность следующего поколения.
• Оба являются методами секвенирования in vitro..
• Секвенированные фрагменты могут быть определены по флуоресцентным меткам.

В чем разница между секвенированием экзома и РНК?

Exome против РНК секвенирования
Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих областей ДНК, присутствующих в организме..	Секвенирование РНК относится к процедуре секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК); транскриптом.
Начальный образец
Геномная ДНК является исходным образцом секвенирования экзома.	РНК является исходным образцом секвенирования РНК.
Сочинение
Он содержит только кодирующие области всей ДНК, известные как экзоны	Это содержит РНК-мРНК / транскриптом.
Последовательность действий
Есть два основных метода секвенирования экзома; технологии на основе решений и массивов.	Секвенирование РНК осуществляется путем подготовки библиотеки кДНК путем выделения общей РНК или фрагментированной РНК.

Резюме - Exome против РНК-секвенирования

Exome - это полный набор кодирующих областей организма, а методы, используемые для определения точного порядка нуклеотидов в Exome, известны как секвенирование exome. РНК-секвенирование - это метод определения порядка нуклеотидов РНК в организме. В этом разница между секвенированием экзома и РНК.

Скачать PDF-версию Exome против РНК-секвенирования

Вы можете скачать PDF версию этой статьи и использовать ее в автономном режиме, как указано в примечании. Пожалуйста, загрузите PDF версию здесь. Разница между Exome и RNA Sequencing

Ссылки:

1.Wang, Zhong, et al. «RNA-Seq: революционный инструмент для транскриптомики». Обзоры природы. Генетика, Национальная медицинская библиотека США, январь 2009 г., доступно здесь. Доступ 3 сентября 2017.
2. Уорр, Аманда и др. «Последовательность Exome: текущие и будущие перспективы». G3: Гены | Геномы | Генетика, Американское генетическое общество, август 2015 г., доступно здесь. Доступ 3 сентября 2017.

Изображение предоставлено:

1. «Рабочий процесс Exome Sequencing 1a» Малахи Гриффит, Джейсон Р. Уокер, Николас С. Шпионы, Бенджамин Дж. Эйнскау, Оби Л. Гриффит - (CC BY 2.5) через Commons Wikimedia
2. «Journal.pcbi.1004393.g002» Сара Кусала - собственная работа (CC BY 3.0) через Commons Wikimedia