Разница между экзомом и транскриптомом

Ключевая разница - Exome против транскриптома
 

Ген содержит кодирующие и некодирующие области внутри него. Кодирующие последовательности известны как экзоны, а некодирующие последовательности известны как интроны. Нуклеотидная последовательность экзонов гена представляет собой генетический код гена для синтеза конкретного белка. Следовательно, экзоны остаются в молекуле мРНК. Общая экзонная область генома известна как экзом, и она является важной частью генома. Генетический код генов преобразуется в генетический код молекулы мРНК, которая необходима для производства белка. Полные молекулы мРНК, транскрибируемые в клетке или популяции клеток одновременно, известны как транскриптом. Ключевое различие между экзомом и транскриптомом заключается в том, что exome представляет последовательности экзоновых областей генома пока транскриптом представляет общую мРНК клетки или ткани в данный момент времени.

СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое Exome
3. Что такое транскриптом
4. Сравнение бок о бок - Exome против транскриптома
5. Резюме

Что такое Exome?

Гены состоят из экзонов, интронов и регуляторных последовательностей. Экзоны - это области гена, которые транскрибируются в последовательность мРНК во время транскрипции. Интроны и другие некодирующие области удаляются во время транскрипции. Нуклеотидная последовательность экзонов определяет генетический код гена, который синтезирует конкретный белок, который он кодирует. Только экзоны остаются в мРНК белка. Коллекция экзонов в геноме известна как экзом организма. Он представляет собой часть генома, которая экспрессируется в генах. У людей экзом составляет 1% от генома. Это кодирующая белок часть человеческого генома.

Рисунок 01: Exome

Что такое транскриптом?

Транскриптом представляет собой совокупность всех кодирующих и не кодирующих белок транскриптов (РНК) в данной ткани. Транскриптом представляет собой совокупность общих молекул мРНК, экспрессируемых генами в клетке или ткани. Транскриптом клетки может варьироваться с помощью транскриптома другого типа клеток. Транскриптом также динамичен - он изменяется со временем в ответ на внутренние и внешние раздражители. Даже внутри одной ткани или внутри одного и того же типа клеток транскриптом может измениться через несколько минут.

Транскриптом отличается от экзома организма. Транскриптом включает только экспрессированные экзомные последовательности. Хотя экзом клетки остается тем же самым, транскриптом отличается среди клеток, так как экспрессия гена не одинакова для всех клеток или тканей. Только необходимые гены экспрессируются в разных клетках и тканях. Экспрессия генов - это процесс, специфичный для ткани или типа клеток. Это регулируется различными факторами, включая факторы окружающей среды. Следовательно, транскриптом может варьироваться в зависимости от условий внешней среды..

Транскриптом используется в качестве предшественника для исследований протеомики. Все белки происходят из последовательностей мРНК. Трансляционные модификации могут привести к изменениям белков. Тем не менее, транскриптом предоставляет важную основную информацию для протеомных исследований.

Рисунок 02: Транскриптом эмбриональных стволовых клеток

В чем разница между экзом и транскриптом?

Exome против транскриптома
Exome представляет собой коллекцию кодирующих белок областей генов.	Транскриптом представляет собой совокупность всех транскрибируемых РНК, включая мРНК.
Образец
Exome изучается с использованием образца ДНК.	Транскриптом изучается с использованием образца РНК.
Метод обучения
Полное секвенирование экзома - метод изучения экзома.	РНК-секвенирование - метод изучения транскриптома.

Резюме - Exome против транскриптома

Экзоны представляют собой кодирующие последовательности генов и определяют последовательности мРНК белков. Коллекция этих кодирующих последовательностей (экзонов) известна как экзом организма. Гены транскрибируются в молекулы мРНК до образования белков. Суммарные молекулы мРНК клетки или ткани в любой момент времени известны как транскриптом. Транскриптом представляет собой гены, которые активно экспрессируются в мРНК в любой момент времени. Транскриптом специфичен для клеток и тканей и влияет на условия окружающей среды. В этом разница между экзомом и транскриптомом.

Ссылки:
1. Сара и др. «Целевой захват и массивно параллельное секвенирование двенадцати человеческих экзом». Природа. Национальная медицинская библиотека США, 10 сентября 2009 г. Интернет. 01 апреля 2017
2. Муц и соавт. «Транскриптомный анализ с использованием секвенирования следующего поколения». Elsevier: Поиск статьи. N.p., сентябрь 2012. Web. 01 апреля 2017

Изображение предоставлено:
1. «Транскриптом плюрипотентных клеток» Грскович М. и Рамалхо-Сантос М. Плюрипотентный транскриптом (10 октября 2008 г.), StemBook, ed. Сообщество исследований стволовых клеток, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Рисунок 2. Транскриптом плюрипотентных клеток. Grskovic, M. и Ramalho-Santos, M., Плюрипотентный транскриптом (10 октября 2008 г.), StemBook, ed. Сообщество исследований стволовых клеток, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, (CC BY 3.0) через Commons Wikimedia