Разница между иерархическим и целым секвенированием ружья

ключевое отличие между иерархическим и целым секвенированием генома дробовика является то, что при иерархическом секвенировании дробовика геном разбивается на более крупные фрагменты перед секвенированием, в то время как при секвенировании всего генома дробовик весь геном разбивается на небольшие фрагменты для секвенирования.

Секвенирование является важным методом в молекулярных процессах, особенно в точной идентификации видов. Фактически, это метод определения точного порядка нуклеотидов в гене или геноме. Есть много методов для секвенирования. Некоторые из них включают метод Максама Гилберта, метод Сангера и автоматический метод Сангера.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое иерархическая последовательность ружья
3. Что такое секвенирование всего генома
4. Сходство между иерархическим и целым секвенированием ружья
5. Сравнение бок о бок - иерархическое и секвенирование всего генома в табличной форме
6. Резюме

Что такое иерархическая последовательность ружья?

Иерархическое секвенирование дробовика является одним из методов секвенирования. Это также называется «последовательность сверху вниз». Кроме того, этот метод состоит из двух этапов: первый этап - амплификация генома, а второй - фрагментация генома. В этом методе геном сначала разрезается на большие фрагменты. Затем следует клонирование этих крупных фрагментов в различных хозяев с использованием векторов или искусственных хромосом. Затем эти рекомбинантные векторы располагаются в библиотеке. Во время секвенирования дробовика рекомбинантные векторные клоны подвергаются секвенированию индивидуально. Фрагменты в клонах подвергаются рестрикционному расщеплению для дальнейшего уменьшения размера генома, тем самым подвергаясь секвенированию.

Рисунок 01: Иерархическая последовательность ружья

Во время иерархического секвенирования дробовика большие фрагменты фрагментов должны быть расположены в порядке, предшествующем секвенированию дробовика. Это происходит с помощью молекулярных маркеров, которые включаются в процессе клонирования.

Иерархическая последовательность дробовика создает генную карту низкого разрешения. Но это создает упорядоченную карту последовательности. Таким образом, это занимает больше времени, чем прямая последовательность. Весь процесс задерживается из-за создания рекомбинантной векторной библиотеки. Это тоже трудоемкая техника. Однако в настоящее время методика автоматизирована для облегчения работы..

Что такое секвенирование всего генома?

Секвенирование всего ружья - одноэтапный процесс секвенирования. В этом процессе весь сдвиг генома происходит в первую очередь. После этого каждый из этих небольших фрагментов подвергается случайному секвенированию. После завершения секвенирования происходит анализ последовательностей. Во время анализа последовательностей перекрывающиеся последовательности удаляются, и анализ не является упорядоченным процессом. Следовательно, сборка последовательностей является менее эффективным процессом по сравнению с иерархическим секвенированием дробовика. Однако процесс секвенирования дробовика всего генома происходит быстрее, и анализ всего генома может проводиться в одном случае..

Каковы сходства между иерархическим секвенированием дробовика и всего генома?

• Иерархическое и целое секвенирование ружья - два подхода к секвенированию.
• Оба проходят секвенирование Sanger или автоматизированные методы секвенирования Sanger.
• Они участвуют в секвенировании фрагментов ДНК и РНК.
• Более того, оба метода важны в молекулярной диагностике и в исследовательских целях..
• В настоящее время оба метода автоматизированы или основаны на компьютерах..
• Оба метода основаны на фрагментации генома.

В чем разница между иерархическим секвенированием дробовика и всего генома?

Иерархическое секвенирование дробовика генерирует фрагменты большего размера по сравнению с секвенированием всего генома, которое работает с небольшими фрагментами последовательностей. Таким образом, это ключевое различие между иерархическим и целым секвенированием генома. Кроме того, иерархическое секвенирование ружья состоит из двух основных этапов, в то время как секвенирование ружья целиком генома опирается на один важный шаг.

Кроме того, еще одно различие между иерархическим и целым секвенированием ружья состоит в том, что разрешение выше при секвенировании ружья с полным геномом по сравнению с иерархическим секвенированием ружья..

Приведенная ниже инфографика суммирует разницу между иерархическим и целым секвенированием ружья.

Резюме - Иерархическое и полное секвенирование ружья

Иерархическое секвенирование и секвенирование всего генома - это две техники для секвенирования больших геномов. Иерархическая последовательность дробовика представляет собой двухэтапный процесс секвенирования, при котором геном разбивается на более крупные фрагменты. Напротив, секвенирование дробовика всего генома представляет собой одностадийное секвенирование, где геном разбивается на мелкие фрагменты и непосредственно секвенируется. Таким образом, это ключевое различие между иерархическим и целым секвенированием генома. Кроме того, технические аспекты могут варьироваться между двумя методами.

Ссылка:

1. Waterston, Robert H, et al. «О секвенировании генома человека». Слушания Национальной Академии Наук Соединенных Штатов Америки, Национальной Академии Наук, 19 марта 2002, Доступный здесь.
2. Пал, Шитал. «Секвенирование генома». LinkedIn SlideShare, 4 ноября 2014 г., доступно здесь.

Изображение предоставлено:

1. «Секвенирование целого генома по сравнению с иерархическим секвенированием». Commins, J., Toft, C., Fares, M.A. - «Методы вычислительной биологии и их применение к сравнительной геномике внутриклеточных симбиотических бактерий насекомых». Biol. Процедуры онлайн (2009). Доступ через SpringerImages (CC BY-SA 2.5) через Commons Wikimedia