Разница между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования

Ключевое отличие - ПЦР Праймеры против Последовательность действий Грунтовки
 

Благодаря последним разработкам в области молекулярной биологии были разработаны различные генетические методы, которые сделали процессы исследования различных путей предмета легкими и точными. ПЦР и другие процедуры секвенирования являются двумя важными такими методами. Они используют разные подкомпоненты. Праймеры рассматриваются как основной подкомпонент, общий для методов ПЦР и секвенирования. ПЦР-праймеры используются для амплификации определенной последовательности ДНК, покаэквивалентные праймеры используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфического порядка нуклеотидной последовательности. Это ключевое отличие между праймерами ПЦР и праймерами секвенирования.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое ПЦР-праймеры?
3. Что такое праймеры для секвенирования
4. Сходство между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования
5. Сравнение бок о бок - праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования в табличной форме
6. Резюме

Что такое ПЦР-праймеры??

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - это генетический метод, который используется в области молекулярной биологии для амплификации одной или нескольких копий определенного сегмента ДНК и получения многих миллионов идентичных копий. В реакции ПЦР используются различные компоненты, включая праймеры. Праймеры представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотида 18-25, что делает их совместимыми с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые необходимо амплифицировать. Праймеры могут быть прямым праймером и обратным праймером. Эти праймеры связываются с фрагментом ДНК в определенных точках, где ДНК-полимераза связывается с определенным праймером в этом месте и инициирует синтез новой цепи ДНК..

Выбор праймеров является важным аспектом процесса ПЦР. Выбор длины праймера важен. Идеальная длина была бы 18-25 нуклеотидов. Если длина слишком короткая или слишком длинная, праймеры не будут связываться с последовательностью ДНК для точной амплификации. Слишком короткие праймеры приводят к отжигу неспецифических праймеров в разных местах последовательности ДНК.

Рисунок 01: ПЦР-праймеры

Содержание гуанина и цитозина (GC) в хорошем грунте должно быть в диапазоне 40-60. Температура отжига грунтовки и температура плавления являются жизненно важными факторами при проведении ПЦР. Температура плавления должна быть рассчитана точно, а температура отжига грунтовки должна составлять 5 ⁰С меньше температуры плавления. Температура плавления должна составлять 60 ° С и 75 ° С. Слишком высокая или слишком низкая температура приведет к снижению активности ДНК-полимеразы.

Что такое праймеры для секвенирования?

Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. Для получения хороших результатов секвенирования важны высококачественные праймеры и шаблоны. Таким образом, когда праймеры выбраны, они должны быть уникальными для конкретного региона, где мы хотим упорядочить. Это также должно быть с правильной ориентацией, где последовательности обычно генерируются от 3 'до 5' концов праймеров. В последовательности не должно быть нежелательной самогибридизации, такой как образование шпилечных петель. Он не должен содержать последовательное образование оснований гуанина.

Температура плавления (Tm) грунтовки должна соответствовать условиям секвенирования. Следовательно, оно должно лежать между 52^оС и 74^оC. Получение олигонуклеотидов для использования в качестве праймера должно быть очищено для получения желаемой полной длины последовательности. Если олигонуклеотиды содержат примеси, передача сигналов праймерной последовательности будет накладываться с разных сайтов праймирования, а также уменьшать количество базовых клеток.

Рисунок 02: Последовательность праймеров

Температура плавления праймера (Tm) олигонуклеотида определяет, насколько сильно комплементарные цепи ДНК гибридизуются друг с другом. Tm можно рассматривать как термодинамический расчет, когда он зависит как от последовательностей ДНК, так и от нескольких условий, таких как концентрация соли. Tm важен во время ПЦР, где вариант, называемый секвенированием цикла, используется для получения группы фрагментов с концевыми дидезоксинуклеотидами. Здесь праймер, который секвенируют, сначала будет альтернативно отожжен, затем расширен и, наконец, денатурирован для амплификации. Следовательно, значение Tm должно быть между 52^оС и 74^о C. Синтезированные олигонуклеотиды могут быть получены в лабораториях синтеза ДНК / РНК по выбору. Небольшой масштаб синтеза, который используется для секвенирования ДНК, обычно составляет 50 нмоль. Также наиболее важно, чтобы праймеры, использованные для секвенирования, были очищены от примесей, которые будут препятствовать снижению качества.

Каковы сходства между праймерами ПЦР и праймерами секвенирования?

• Как ПЦР-праймеры, так и праймеры для секвенирования являются праймерами, которые используются в процессе амплификации целевой последовательности ДНК..
• Праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования состоят из нуклеотидов.
• Праймеры для ПЦР и праймеры для секвенирования являются короткими олигомерами.

В чем разница между ПЦР-праймерами и секвенирующими праймерами?

Праймеры для ПЦР против праймеров для секвенирования
ПЦР-праймеры представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотидной последовательности 18-25, что делает их совместимыми с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые должны быть амплифицированы..	Праймеры для секвенирования представляют собой короткие олигомеры, которые используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности..
функция
ПЦР-праймеры используются для амплификации определенной последовательности ДНК.	Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности..
Необходимое количество праймеров
Два праймера; один прямой праймер и один обратный праймер используются в качестве праймеров для ПЦР.	Нужен только один праймер в качестве праймера для секвенирования.

Резюме - ПЦР Праймеры против Последовательность действий Грунтовки

Праймеры для секвенирования используются в контексте секвенирования фрагмента ДНК с целью выявления его специфической идентичности. Одного праймера последовательности будет достаточно для запуска процесса. Для получения хороших результатов секвенирования важны высококачественные праймеры и шаблоны. Таким образом, когда праймеры выбраны, они должны быть уникальными для конкретного региона, где мы хотим упорядочить. Праймеры для ПЦР представляют собой короткие цепи ДНК с длиной нуклеотида 18-25, которая совместима с начальной и конечной областями фрагментов ДНК, которые должны быть амплифицированы. ПЦР-праймеры могут быть прямым праймером и обратным праймером. Содержание гуанина и цитозина (GC) в хорошем грунте должно быть в диапазоне 40-60. Температура отжига праймера и температура плавления являются жизненно важными аспектами во время ПЦР. В этом разница между праймерами для ПЦР и праймерами для секвенирования.

Ссылка:

1. «Полимеразная цепная реакция (ПЦР)». Ханская академия. Доступна здесь
2. «Секвенирование праймеров и дизайн праймеров». Секвенирование праймеров и дизайн праймеров | Основные услуги ДНК университета | Университет Калгари. Доступна здесь    

Изображение предоставлено:

1.'Primers RevComp'By Zephyris - собственная работа, (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia 
2. «Метки маркировки ДНК Sequencin 3», автор Abizar (оригинальное добавление) из английской Википедии - Передано Gustavocarra., (Public Domain) через Commons Wikimedia