Разница между зондом и грунтовкой

Ключевая разница - пробник против праймера
 

Молекулярный зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК или РНК, который распознает комплементарные последовательности в ДНК или РНК и позволяет идентифицировать последовательность-мишень. Праймер представляет собой небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для синтеза ДНК. Праймеры и зонды гибридизуются с комплементарными нуклеотидами матричной ДНК или ДНК-мишени. Однако ключевое различие между зондом и праймером заключается в том, что праймеры необходимы для репликации ДНК, а зонды необходимы для обнаружения специфических последовательностей в образце ДНК.

СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое зонд
3. Что такое учебник для начинающих
4. Сравнение бок о бок - пробник против праймера
5. Резюме

Что такое зонд?

Зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК или РНК, используемый для обнаружения целевой ДНК или РНК в образце путем молекулярной гибридизации. Они также известны как молекулярные маркеры. Длина зонда может варьироваться (от 100 до 1000 оснований), и нуклеотиды зонда комплементарны части последовательности-мишени. Для простоты обнаружения зонды маркируют радиоактивными изотопами или флуоресцентными красителями или антителами. Зонды связываются с комплементарными основаниями целевой последовательности и обнаруживают присутствие целевой ДНК или РНК в образце. Существует два основных метода маркировки зондов: конец маркировки и ник перевод. Зонды подразделяются на различные типы, включая ДНК-зонды, РНК-зонды, зонды cDNa и синтетические олигонуклеотидные зонды, и их готовят с использованием различных методов..

Зонды являются важными инструментами во многих микробных и молекулярных областях, таких как вирусология, судебная патология, тестирование отцовства, дактилоскопия ДНК, обнаружение генетических заболеваний, RFLP, молекулярная цитогенетика, на месте гибридизация и т. д..

Рисунок 01: флуоресцентно меченный зонд, используемый в FISH для обнаружения патогенов

Что такое учебник для начинающих?

Праймер представляет собой короткий фрагмент ДНК или РНК, который служит инициатором синтеза ДНК. Фермент ДНК-полимераза добавляет нуклеотиды к 3'-ОН-группе последовательности праймера и синтезирует новую цепь, комплементарную матричной ДНК. Праймеры представляют собой очень короткие фрагменты длиной от 18 до 20 нуклеотидов. Они химически синтезированы в лаборатории для в пробирке ДНК-амплификация (ПЦР). Праймеры могут иметь любую последовательность нуклеотидов, так как они разработаны пользователем. Они синтезируются, чтобы соответствовать комплементарным основаниям матрицы ДНК. Следовательно, он может иметь любую последовательность нуклеотидов. Праймеры имеют первостепенное значение для репликации ДНК, так как ДНК-полимераза не может синтезировать новую ДНК без существующего фрагмента ДНК. При разработке праймеров для ПЦР необходимо учитывать следующее:

• Праймеры должны содержать комплементарные нуклеотиды к фланкирующему концу ДНК, которая хочет амплифицироваться.
• Грунтовки должны иметь температуру плавления от 55 до 65 ⁰С
• Содержание G и C должно составлять от 50 до 60%.

Два праймера используются в ПЦР как прямой и обратный для репликации обеих нитей образца ДНК. Праймеры обычно используются для проведения ПЦР и секвенирования ДНК.

Рисунок 02: Отжиг праймера в ПЦР

В чем разница между Probe и Primer?

Probe vs Primer
Зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК / РНК, используемый для обнаружения присутствия последовательности-мишени в образце путем молекулярной гибридизации..	Праймер представляет собой небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для репликации ДНК..
функция
Это обнаруживает присутствие определенной последовательности в образце ДНК или РНК.	Это служит отправной точкой для синтеза ДНК.
длина
Длина может быть в пределах 100 - 1000 оснований	Длина обычно составляет около 18 - 20 основ
Связывание с дополнительной последовательностью
Зонд гибридизуется с комплементарными основаниями последовательности-мишени	Отжиг праймеров с комплементарными основаниями цепей ДНК.
этикетирование
Зонды маркированы для простоты обнаружения	Праймеры, как правило, не помечены
Использовать в ПЦР
Зонды не используются в ПЦР	Праймеры используются в ПЦР

Основная информация - Probe vs Primer

Зонд представляет собой небольшой фрагмент последовательности ДНК или РНК, который можно гибридизовать с комплементарными нуклеотидами для обнаружения последовательности-мишени в образце. Зонды помечают радиоактивно, иммунологически или флуоресцентно, чтобы увидеть присутствие последовательности-мишени. Праймер - это очень маленький фрагмент ДНК или РНК, который служит отправной точкой для в пробирке ДНК-амплификация. ДНК-полимераза идентифицирует 3'-праймер группы ОН и инициирует построение новой цепи, комплементарной матрице. Зонды и праймеры работают аналогично, гибридизуясь с комплементарными нуклеотидами. Таким образом, ключевое различие между зондом и праймером - их основная функция.

Ссылка:
1. «Праймер (молекулярная биология)». Wikipedia. Фонд Викимедиа, 02 февраля 2017 г. Интернет. 01 марта 2017.
2. «Гибридизационный зонд». Wikipedia. Фонд Викимедиа, 30 декабря 2016 года. Веб. 01 марта 2017
3. «Праймер (молекулярная биология)». Учебник для начинающих (молекулярная биология) - ScienceDirect Topics. Н.п., н.д. Web. 01 марта 2017

Изображение предоставлено:
1. «РЫБА для идентификации бактериального патогена» Пепетпс Тогопик Иван Акира Магнус МанскеТимоти В. Форд - (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia
2. «Primers RevComp Melted2» Ричарда Уилера (Zephyris) - собственная работа (CC BY-SA 3.0) с помощью Commons Wikimedia