Разница между случайными праймерами и олиго dT

ключевое отличие между случайными праймерами и олиго dT является то, что случайный праймер представляет собой смесь всех возможных гексамерных олигонуклеотидных последовательностей, в то время как олиго dT праймер состоит из одноцепочечного участка из 12-18 дезокситимидинов..

Обратная транскрипция представляет собой механизм, в котором кДНК может быть синтезирована с использованием мРНК или любого вида РНК. Для получения кДНК необходимо обеспечить фермент обратной транскриптазы и другие необходимые компоненты, особенно матрицу и праймеры. Праймеры представляют собой короткие последовательности ДНК, специально предназначенные для амплификации последовательностей-мишеней. Случайные праймеры и олиго-dT праймеры представляют собой два распространенных типа праймеров, используемых в обратной транскрипции. Следовательно, случайный праймер или олиго-dT-праймер представляют собой короткие олигонуклеотидные последовательности ДНК, необходимые для обратной транскриптазы, чтобы инициировать обратную транскрипцию. В зависимости от матрицы РНК подходящий праймер может быть выбран из этих двух типов праймеров.

СОДЕРЖАНИЕ

1. Обзор и основные отличия
2. Что такое случайные праймеры 
3. Что такое Олиго дТ
4. Сходство между случайными праймерами и Олиго Д.Т.
5. Сравнение бок о бок - случайные праймеры и олиго dT в табличной форме
6. Резюме

Что такое случайные праймеры?

Случайный праймер представляет собой смесь олигонуклеотидов, представляющих все возможные гексамерные последовательности. Последовательность праймера случайного праймера составляет 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T или C. Следовательно, случайные праймеры можно использовать для амплификации одноцепочечной ДНК или РНК с помощью ДНК-полимеразы или обратной транскриптазы, соответственно. Кроме того, смесь случайных праймеров способна амплифицировать все участки РНК для генерации кДНК. Таким образом, он производит различные длины кДНК.

Рисунок 01: Случайные праймеры

Что наиболее важно, смесь случайных праймеров не проявляет специфичности шаблона. Он не способен различать мРНК и другие виды РНК. И это отжигает с любым видом РНК в образце. Однако смесь случайных праймеров подходит для обратной транскрипции РНК без поли (А) хвостов, таких как рРНК, тРНК, некодирующие РНК, малые РНК, прокариотическая мРНК и т. Д., Деградированные РНК и РНК с известными вторичными структурами..

Что такое Олиго дТ?

Oligo dT грунтовка представляет собой полосу 12-18 дезокситимина (dT). Последовательность праймера может быть представлена ​​как 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Он используется для производства кДНК из мРНК, содержащей поли (А) хвост. По сути, он действует как праймер для реакции, катализируемой обратной транскриптазой. Во время обратной транскрипции олиго dT праймер отжигается с полиаденилированным хвостом, обнаруженным на 3'-конце большинства эукариотических мРНК, и начинает процесс.

Рисунок 02: Обратная транскрипция с использованием Oligo dT Primer

В отличие от случайного праймера, олиго dT праймер не подходит для деградированной РНК или РНК, у которых отсутствуют поли (А) хвосты, включая прокариотическую РНК и микроРНК.

Каковы сходства между случайными праймерами и Олиго дТ?

• Случайный праймер и олиго-dT-праймер представляют собой два типа праймеров, которые используются для обратной транскрипции и получения кДНК..
• Совместное использование случайного праймера и олиго-dT-праймера повышает чувствительность синтеза кДНК.
• Это одноцепочечные короткие нуклеотидные последовательности.

В чем разница между случайными праймерами и олиго dT?

Случайный праймер представляет собой короткую олигонуклеотидную последовательность, состоящую из случайной последовательности. Между тем, олиго dT праймер представляет собой короткую цепь, состоящую из 12-18 дезокситимидинов. Таким образом, это ключевое различие между случайными праймерами и олиго-ДТ. Последовательность случайного праймера 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T или C. При этом последовательность олиго dT праймера равна 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' , Поэтому мы можем рассматривать это как еще одно различие между случайными праймерами и олиго-dT..

Более того, случайные праймеры не проявляют шаблонной специфичности и отжигают с любыми видами РНК, в то время как олиго dT-праймеры демонстрируют специфичность для поли (А) хвостов эукариотической мРНК..

Приведенная ниже инфографика суммирует разницу между случайными праймерами и олиго dT.

Резюме - Случайные праймеры против Олиго дТ

Случайный праймер и олиго-dT-праймер представляют собой два типа праймеров, используемых в синтезе кДНК. Случайный праймер состоит из смеси олигонуклеотидов, представляющих все возможные гексамерные последовательности, в то время как олиго dT праймер представляет собой одноцепочечную последовательность из 12-18 дезокситимидинов. Таким образом, это ключевое различие между случайными праймерами и олиго-ДТ. Кроме того, олиго dT-праймеры полезны для полноразмерной обратной транскрипции РНК с поли (А) хвостом, в то время как случайные праймеры полезны для обратной транскрипции большинства видов РНК, включая деградированную РНК, РНК, лишенную поли (А) хвостов, и РНК, содержащую вторичные структуры. Следовательно, случайный праймер не проявляет матричную специфичность, в то время как олиго dT праймер демонстрирует специфичность по отношению к эукариотической мРНК, содержащей поли (А) хвост.

Ссылка:

1. «Настройка обратной транскрипции: Thermo Fisher Scientific - США». Настройка обратной транскрипции | Thermo Fisher Scientific - США, доступно здесь.

Изображение предоставлено:

1. «Primers RevComp» Зефириса - собственная работа (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia
2. «Модель RT PCR» Локештхиммана - собственная работа (CC BY-SA 4.0) через Commons Wikimedia