Разница между RT PCR и QPCR

Ключевая разница - RT PCR против QPCR
 

Полимеразная цепная реакция - это метод, используемый для амплификации определенной области ДНК. в пробирке. Благодаря изобретению этой техники Кэри Маллисом в 1983 году ученые смогли сделать тысячи или миллионы копий определенных фрагментов ДНК для исследовательских целей. В настоящее время это стало распространенным и регулярно выполняемым методом в клинических и исследовательских лабораториях для широкого спектра применений. Существуют разновидности традиционной техники ПЦР, такие как RT PCR, вложенная PCR, мультиплексная PCR, Q PCR, RT - QPCR и т. Д. RT PCR и Q PCR являются двумя важными вариантами PCR. Основное различие между RT PCR и Q PCR заключается в том, что ОТ-ПЦР используется для обнаружения экспрессии генов путем созданиякомплементарная ДНК (кДНК) транскрипты с РНК пока Q ПЦР используется для количественного измерения продуктов ПЦР в реальном времени с использованием флуоресцентных красителей.

СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое RT PCR
3. Что такое QPCR
4. Сравнение бок о бок - ПЦР ОТ против КПЦР
5. Резюме

Что такое RT PCR?

Цепная реакция с обратной транскрипционной полимеразой (ОТ-ПЦР) представляет собой вариант ПЦР, который используется для выявления экспрессии РНК. Это очень важный метод для определения экспрессии мРНК в тканях. ОТ-ПЦР используется, когда исходным материалом образца является РНК. В ОТ-ПЦР матричная мРНК сначала превращается в комплементарную ДНК. Этот этап катализируется ферментом обратной транскриптазы, и этот процесс известен как обратная транскрипция. Во-вторых, традиционная ПЦР используется для вновь синтезированной кДНК для амплификации.

ОТ-ПЦР является высокочувствительным методом, который требует относительно небольшого количества образца РНК. ОТ-ПЦР обычно используется для диагностики и количественного определения видов РНК, особенно РНК-вирусов, таких как вирус иммунодефицита человека и вирус гепатита С.

Рисунок 01: Техника ОТ ПЦР

Что такое QPCR?

Количественная ПЦР (QPCR) представляет собой вариант ПЦР, который используется для количественного измерения продуктов ПЦР. Это также называется полимеразной цепной реакцией в реальном времени, поскольку она измеряет амплификацию в реальном времени с помощью ПЦР-аппарата в реальном времени. Это подходящий метод для определения количества целевой последовательности или гена, присутствующего в образце. Интересной особенностью QPCR является то, что он объединяет в одном шаге как усиление, так и истинное количественное определение. Следовательно, необходимость в гель-электрофорезе при обнаружении может быть устранена с помощью метода QPCR. QPCR использует флуоресцентные красители для маркировки продуктов ПЦР во время реакций ПЦР, которые в конечном итоге приводят к прямому количественному определению. Когда продукты ПЦР накапливаются, флуоресцентные сигналы также накапливаются, и они будут измеряться машиной реального времени. QPCR можно комбинировать с RT PCR. Он известен как RT - QPCR или QRT - PCR и считается наиболее мощным, чувствительным и количественным методом для определения уровней РНК в клетках или тканях..

SYBR Green и Taqman - два метода, используемые для обнаружения или наблюдения за процессом амплификации ПЦР в реальном времени. Метод SYBR Green проводится с использованием флуоресцентного красителя, называемого SYBR green, и обнаруживает амплификацию, связывая краситель для получения двухцепочечной ДНК. Taqman проводится с использованием зондов с двумя метками и обнаруживает амплификацию путем разложения зонда с помощью Taq-полимеразы и выделения флуорофора, как показано на рисунке 02. Оба метода отслеживают ход процесса амплификации и сообщают количество продукта в реальном времени..

ПЦР в реальном времени имеет широкий спектр применений, таких как количественная оценка экспрессии генов, анализ микроРНК и некодирующей РНК, генотипирование SNP, обнаружение вариантов количества копий, обнаружение редких мутаций, обнаружение генетически модифицированных организмов, обнаружение инфекционных агентов и т. Д..

Рисунок 02: Метод количественной ПЦР

В чем разница между RT PCR и QPCR?

RT PCR против QPCR
ОТ-ПЦР - методика, используемая для определения экспрессии генов путем амплификации..	QPCR - это метод, который усиливает ДНК и количественно определяет продукты ПЦР в режиме реального времени..
Вовлечение фермента обратной транскриптазы
Фермент обратная транскриптаза используется для ОТ ПЦР.	Фермент обратная транскриптаза не используется для QPCR.
Использование молекул с флуоресцентной меткой
Флуоресцентно меченные красители или зонды не используются для ОТ-ПЦР..	Флуоресцентно маркированные красители или зонды используются для QPCR.
Количественная оценка продукта ПЦР
Если в сочетании с QPCR RT-ПЦР не дает количественного определения продукта ПЦР.	QPCR количественно измерить продукт ПЦР.
Исходный материал
Исходным материалом является мРНК.	Исходным материалом является ДНК.
Синтез кДНК
Дополнительная ДНК образуется во время ОТ ПЦР.	Дополнительная ДНК не продуцируется во время QPCR.

Резюме - RT PCR против QPCR

RT PCR и QPCR - две версии традиционной ПЦР. Метод ОТ-ПЦР проводится для образцов мРНК и управляется обратной транскрипцией и продуцированием кДНК. QPCR используется для количественной оценки продуктов ПЦР во время тепловых циклов ПЦР в реальном времени с использованием флуоресцентных красителей или меченых зондов. В QPCR количество продукта ПЦР представлено испускаемыми флуоресцентными сигналами образцом. ОТ-ПЦР широко используется в качестве процесса амплификации, в то время как QPCR обычно используется в качестве процесса количественного определения. В этом разница между RT PCR и QPCR.

Ссылки:
1. Дипак С. А., К. Р. Коттапалли, Р. Раквал, Г. Орос, К. С. Рангаппа, Х. Ивахаси, Ю. Масуо и Г. К. Агравал. «ПЦР в реальном времени: революционное обнаружение и анализ экспрессии генов». Текущая геномика. Bentham Science Publishers Ltd., июнь 2007 г. Интернет. 03 апреля 2017
2. Зека, Фьоральба, Катриен Вандерхейден, Эльс Де Смет, Клод А. Кювелье, Питер Местдаг и Джо Вандесомпеле. «Простой и чувствительный анализ экспрессии генов на основе RT-КПЦР образцов FFPE». Новости природы. Nature Publishing Group, 22 февраля 2016 г. Интернет. 03 апреля 2017
3. Оверберг Л., Джульетти А., Валкс Д., Декаллон Б., Бульон Р. и Матье. «Использование ПЦР с обратной транскриптазой в реальном времени для количественной оценки экспрессии генов цитокинов». Журнал биомолекулярных методов: JBT. Ассоциация Биомолекулярных Ресурсов, Март 2003. Веб. 03 апреля 2017

Изображение предоставлено:
1. «Taqman» от пользователя: Braindamaged - собственная работа оригинального загрузчика (Public Domain) через Commons Wikimedia
2. «Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией». Jpark623 - Собственная работа (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia.