Разница между AFLP и RFLP

Ключевая разница - AFLP против RFLP
 

Исследования ДНК имеют огромное значение для понимания и определения филогенетических взаимоотношений, диагностики генетических заболеваний и картирования геномов организма. Несколько методов, связанных с анализом ДНК, также используются для идентификации конкретного гена или последовательности ДНК в пуле неизвестной ДНК. Они известны как молекулярные маркеры. Усиленный фрагмент длины полиморфизма (AFLP) и Полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) - два таких молекулярных маркера (метода), разработанных в молекулярной биологии для обнаружения генетических вариаций между организмами. Оба метода одинаково важны и имеют свои преимущества и недостатки. Основное различие между AFLP и RFLP заключается в том, что AFLP включает селективную ПЦР-амплификацию расщепленной ДНК, тогда как RFLP не включает селективную ПЦР-амплификацию фрагментов ДНК..

СОДЕРЖАНИЕ
1. Обзор и основные отличия
2. Что такое AFLP
3. Что такое RFLP
4. Сравнение бок о бок - AFLP против RFLP
5. Резюме

Что такое AFLP?

AFLP (амплифицированный полиморфизм длины фрагмента) является важным инструментом в молекулярной биологии и широко используется в анализе генетических вариаций. AFLP основана на специфической ПЦР-амплификации фрагментированной геномной ДНК и определении полиморфизма авторадиографами с помощью гель-электрофореза. AFLP вносит большой вклад в выявление генетических различий у штаммов или близкородственных видов различных царств, включая растения, животных, бактерии и грибы. AFLP можно проводить с небольшими количествами неизвестных образцов ДНК. Не требует предварительного знания последовательности и проектирования зондов.

Шаги AFLP

1. Выделение ДНК
2. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
3. Лигирование ограниченных фрагментов ДНК с адаптерами
4. Селективная амплификация фрагментов со специфическими сайтами рестрикции
5. Разделение продуктов ПЦР гель-электрофорезом
6. Визуализация гелевой матрицы с помощью авторадиографа

AFLP является более чувствительным и воспроизводимым методом, который можно использовать для профилирования ДНК нескольких таксонов, включая грибы, бактерии, растения и животных, без предварительного знания последовательностей ДНК. Это помогает в выявлении небольших различий между людьми в популяциях из-за его высокой чувствительности. AFLP также важен в картировании генома, судебных исследованиях, родительском тестировании, генотипировании и т. Д..

Рисунок 01: AFLP

Что такое RFLP?

Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) - это метод, который используется для обнаружения генетических вариаций в гомологичных последовательностях ДНК. Это первый метод, разработанный для профилирования ДНК. У организмов есть уникальные ДНК-отпечатки пальцев или ДНК-профили. RFLP служит важным инструментом для анализа различий между профилями ДНК внутривидовых или близкородственных организмов, поскольку гомологичные последовательности имеют разные сайты рестрикции (местоположения), которые являются уникальными для конкретного организма. Когда гомологичная ДНК переваривается специфическими эндонуклеазами рестрикции, это приводит к различным профилям ДНК, которые являются уникальными для каждого человека. Следовательно, основным в этом методе является обнаружение генетических вариаций среди организмов путем рестрикции гомологичной ДНК специфическими ферментами рестрикции и анализа полиморфизма длин фрагментов с помощью гель-электрофореза и блоттинга. Шаблоны блоттинга уникальны для каждого организма и характеризуют конкретные генотипы..

Шаги РФЛП

1. Выделение достаточного количества ДНК из образцов
2. Фрагментация образцов ДНК со специфическими эндонуклеазами рестрикции на короткую последовательность
3. Разделение полученных фрагментов различной длины электрофорезом в агарозном геле.
4. Перенос профиля геля в мембрану с помощью Саузерн-блоттинга

5. Гибридизация мембраны с мечеными зондами и анализ полиморфизма длин фрагментов в каждом профиле

RFLP является очень важным методом обнаружения наследственного заболевания и выявления риска возникновения заболевания среди членов семьи. RFLP также часто используется при картировании генома, идентификации преступников в криминалистике, тестировании отцовства и т.д. RFLP также имеет несколько ограничений. RFLP требует предварительного знания данных о последовательности для разработки зондов для гибридизации. Это также требует выделения достаточного количества ДНК из образца для анализа, что является трудным в судебных исследованиях.

Рисунок 01: Отображение RRFLP

В чем разница между AFLP и RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP включает селективную ПЦР-амплификацию расщепленной ДНК.	RFLP не включает PCR, если это не PCR-RFLP.
Знание последовательности
Предварительное знание последовательности не требуется.	Предварительное знание последовательности требуется для разработки зондов RFLP.
надежность
Это более надежно.	Это менее надежно по сравнению с AFLP.
Эффективность в обнаружении полиморфизма
Это имеет более высокую эффективность в обнаружении полиморфизма, чем RFLP.	Это менее эффективно по сравнению с AFLP.
Стоимость
Это немного дороже по сравнению с RFLP.	Это дешевле по сравнению с AFLP.
Приложения
AFLP применялись для картирования генома, дактилоскопии ДНК, исследований генетического разнообразия, тестирования отцовства и судебной экспертизы.	RFLP-анализ является важным инструментом в картировании генома, локализации генов для генетических нарушений, определении риска заболевания и тестировании отцовства.

Резюме - AFLP против RFLP

AFLP и RFLP являются двумя методами, используемыми в качестве генетических маркеров для оценки разнообразия и оценки генетических отношений в молекулярной биологии. AFLP служит эффективным и чувствительным методом обнаружения генетического полиморфизма между организмами, чем RFLP. Однако, хотя оба эти метода имеют различную эффективность в обнаружении генетических вариаций, они все еще используются для снятия отпечатков ДНК и диагностики заболеваний..

Ссылка:
«1. Гарсия, Антонио А. Ф., Лучана Л. Бенчимол, Антония М. М. Барбоза, Исайя О. О. Джеральди, Соуза младший Клаудио Л. и Анете П. Де Соуза. «Сравнение маркеров RAPD, RFLP, AFLP и SSR для исследований разнообразия у инбредных линий тропической кукурузы». Генетика и молекулярная биология. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 марта 2017
2. «Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (RFLP)». Национальный центр биотехнологической информации. Национальная медицинская библиотека США, н.д. Web. 19 марта 2017
3. Масига Д. К. и Тернер С. М. (2004). «Амплифицированный (рестрикционный) анализ длины полиморфизма фрагментов (AFLP)». Methods Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 19 марта 2017

Изображение предоставлено:
1. «ALFP» Барбароссы из голландской Википедии - переведено из nl.wikipedia в Commons. (Общественное достояние) через Wikimedia Commons
2. «RFLP картографирование» Retama - собственная работа (GFDL) через Commons Wikimedia